عند اللجوء لطريقة تفتيت الحصى بالليزر يتم الخضوع للتخدير ، و في حالات التخدير يجب الانتباه لعدم حدوث اي خطأ بالتخدير بحيث انه يتم الاصابة بأمراض القلب و التهابات الرئة و مشاكل الرئة الأخرى و مشاكل الكلى و غيرها ، ومن بعض الاثار الجانبية الاخرى: الشعور بالغثيان ، التقيؤ ، الصداع ، الشعور بالدّوخة ، حصول نزيف في احد اجزاء الجهاز البولي ، ظهور الدّم مع البول ، حدوث جلطات دمويّة في الساقين ، انتقال بعض انواع العدوى للكلى و المثانة ، فشل عمليّة التفتيت عن طريق الليزر .