من الأدوية التي تستخدم في حالات فقر الدم اللاتنسجي هي الكورتيكوستيرويد إذ تعمل على معالجة نقص المناعة الذي يسبب فقر الدم اللاتنسجي، كما يمكن استعمال مضادات البكتيريا ومضادات الفيروسات.
وفي المستشفيات عادة يتم علاج هذه الحالة بنقل وحدات من الدم وزراعة نخاع عظم إن لزم الأمر ويمكن تقوية نخاع العظم بالأدوية.