سبب هذا اللبس هو أنه قديماً وقبل نشأة علم النفس كان يعتبر باباً من أبواب الفلسفة ويندرج تحته ، لكن مع تقدم الزمن وتطور العلم والنظريات المبنية على أسس علمية بدأ علم النفس بإثبات أهميته في مجالات الحياة جميعها حتى ظهر كعلم مستقل بحد ذاته سنة 1879 عند إنشاء أول مختبر لعلم النفس .
اما كيفية التفريق بينهما فهي واضحة، فعلم النفس كباقي العلوم من الفيزياء والرياضيات وغيرها يمتلك افتراضات منطقية واضحة وتجارب وأدوات قياس وهذا يعني أنه قابل للتطبيق والتجريب مع استثناء بعض المدارس كالمدرسة التحليلية التي من انتقاداتها صعوبة التجريب ، اما علم الفلسفة فقد يعتبره البعض حلقة مفرغة بسبب عدم القدرة على اثبات مواضيعه او اللجوء إلى أسس علمية مثبتة لأن اغلب المواضيع التي يدور حولها هي مواضيع وجودية او الخرافات والاساطير او الارواح او اسرار الكون و غيرها العديد من المواضيع الأخرى