بشكل عام عينات الامعاء تتم عن طريق التنظير وذلك عن طريق أن يتم إدخال جهاز صغير من خلال المنظار ويتم أخذ العينة وهذا قد يكون من خلال التنظير العلوي حيث يتم أخذ العينة من المرئ ،المعدة أو الإثني عشر أو من خلال تنظير القولون حيث يتم أخذ العينة من القولون نفسة أو الجزء الأخير من الأمعاء الدقيقة بشكل عام العينات تكون صغيرة جدا ولا يشعر بها المريض ولا تؤدي الى أي مضاعفات جانبية .