عملية زراعة الشعر هي عملية جراحية تجميلية سطحية، أي أنها لا تؤثر على الدماغ، لكن مثل أي تدخل جراحي تظهر بعدها بعض المضاعفات بشكل متفاوت بين المرضى حسب حالة المريض السابقة وتقبل جسمه وعدم إجهاد نفسه بعد العملية ومهارة الطبيب.
من المضاعفات الشائعة بعد عملية زراعة الشعر: الألم والنزيف السطحي والندوب المرئية والقشرة والورم الحبيبي الصديدي، بعض المضاعفات تختفي من تلقاء نفسها والبعض الآخر يصف الطبيب علاجا لها.