نعم ممكن ان تؤثر مضادات الذهان على الكلى حيث هناك بعض الانواع التي قد تؤدي إلى إصابة حادة بالكلى AKI أو نزول ضغط الدم أو احتباس البول وغيرها.
القدرات العقلية أيضا ممكن أن تتأثر عند الاستخدام المزمن للأدوية المضادة للذهان حيث تتأثر الذاكرة والتركيز والنوم وغيرها.