غالبا تنظير المعدة يكون آمن و لكن المضاعفات النادر حدوثها هي :
١. حدوث نزيف نتيجة الثقب الذي يحدثه الطبيب لاجراء التنظير و تزداد فرص الاصابة في النزيف في حال اخذ خزعة من المعدة
٢. الاصابة بعدوى تسبب التهابات و يمكن علاجها بالمضادات الحيوية
٣. تمزق في المريء او قد يحصل في اي جزء من اجزاء الجهاز الهضمي
٤. حساسية من المخدر الذي يعطى قبل اجراء التنظير
٥. الشعور بتنميل في الحلق بسبب المخدر الموضعي الذي يعطى في الحلق عن طريق الفم و هو بخاخ رذاذ يرش في الحلق
٦. في حال ملاحظة بعض الاعراض التالية يجب استشارة الطبيب منها القيء مع دم ، صعوبة في التنفس او البلع ، الحرارة الشديدة ، ألم شديد في البطن