في بعض الأطفال ، قد تحدث مضاعفات تهدد الحياة، والتي تتضمن نقص شديد في عدّة إنزيمات أهمها ornithine transcarbamylase// arbamyl phosphate synthetase // rgininosuccinate synthetase deficiency // argininosuccinate lyase
وكلٍ منها يترتب عليه مُضاعفات معينة، يمكن أن تتتضمن المضاعفات التي تنشأ في غياب التشخيص والعلاج، والتي غالبًا ما تكون حادة ومميتة، وحتى الأطفال الذين يخضعون لخطة علاجية يمكن أن يتعرضوا لانتكاسات شديدة يُشار إليها بالأزمات الأيضية التي تحدث نتيجة زيادة مفاجئة ومكثفة في الأحماض الأمينية النرتبطة بهذا المرض، وغالبًأ ما تتضمن هذه الحالة:
**التعب الشديد أو الخمول
**الغيبوبة
**التهيج
**التقيوء
في حال عدم علاج الأزمات الأيضية ، يمكن أن تحدث المضاعفات التالية:
*النوبات التشنجية.
*تورم في الدماغ
*نقص تدفق الدم إلى الدماغ
*الحماض الأيضي - وهو وضع يحتوي فيه الدم على مستويات عالية من المواد الحمضية