المجهر الألكتروني يستخدم الألكترونات لفحص العينات, وتصل قوة تكبيره لمليون مرة بينما المجاهر العادية تكبر الأشياء حوالي 1000مرة, ولهذا يتم استعماله لرؤية الأشياء الصغيرة جدا مثل اجزاء الخلية والفيروسات, كما يمكن ان نشاهد الصورة مباشرة في المجهر العادي, بينما في المجهر الألكتروني تسقط الألكترونات على فيلم فوتوغرافي حيث يجب معالجته لرؤية الصورة, يجدر الذكر انه يوجد نوع آخر من المجهر الألكتروني يسمى المجهر الماسح يعطي صورة ثلاثية الأبعاد على شاشة.