مجزرة المسجد الأقصى ، هي المجزرة الأهم والأكثر قسوة والتي حدثت عام 1990 حين حاول المرابطون التصدّي للمستوطنين المقتحمين للمسجد الأقصى ، حينها قامت قوات الاحتلال بضربهم بالرصاص مما أدّى إلى استشهاد العديد منهم وجرح العشرات
وتكررت هذه المجزرة عام 2000 حين حاول أرئيل شارون اقتحام الأقصى بصحبة يهود متطرّفين فواجهه المرابطون وحينها ارتكبت قوات الاحتلال من جديد مجزرة جديدة بحق الفلسطينيين هناك