يتم صبغ عينات البكتيريا بالمختبر بهدف تحديد نوعها و شكلها و محتوياتها، ومن أهم الصبغاتي التي تستخدم لصبغ البكتيريا بالمختبر:
- صبغات الجرام، بحيث يتم فصل البكتيريا حسب ظهور لونها اذا لونها احمر فهي سالبة واذا لونها بنفسجي فهي موجبة ويتم استخدام صبغة ال crystal violet.
- صبغات البكتيريا الحمضية مثل:
- acid fuchsin
- eosin
- rose bengal
- صبغات البكتيريا ذات الابواغ الداخلية ويتم استخدام صبغة ال malachite green.
- صبغات البكتيريا التي تحتوي على كبسولة تغطيها و يتم استخدام صبغة ال methylene blue.
وبعد صبغ العينة و جفافها يقوم فني المختبر بتشخيصها وفحص نوعها وتحديد اجزاءها وكيفية تكاثرها وتحديد الامراض التي تسببها و بيئة العيش التي تناسب نموها وتكاثرها.