يوجد عدد كبير للآثار الجانبية التي يمكن أن يسببها الاستخدام المتكرر لمثبطات مضخة البروتون نذكر منها ما يأتي :
*التقيؤ .
*الغثيان .
*الإسهال أو الإمساك .
*الدوخة .
*التهاب المعدة المزمن .
*تساقط الشعر .
*فقدان الشهية .
*نقص المغنيسيوم على المدى البعيد .
*الانتفاخ و تشكل الغازات .
*ألم البطن .
*الصداع .
*السعال .
*الطفح الجلدي و الحكة .
*هشاشة العظام و تكسرها خاصة عظام الحوض .
*نقص الخلايا المحببة في الدم .
*تغير في الاستطعام بالأكل .
*التهاب البنكرياس .