كان لهذا الاتحاد مجموعة من الأهداف الذي يريد تحقيقها ومنها :
العمل على التحسين والتطور الصحي في القارة الإفريقية .
وضع القارة الأفريقية في المقدمة واخذ مكانتها الدولية وذلك من خلال تواجدها في الاقتصاد العالمي وكذلك السياسي .
العمل على ايجاد وتطوير الدائم الى البحث العلمي ومرتكز البحث ، ليخدم مصالح القارة من خلال تطور العلم والتكنولوجيا .