امراض المناعة الذاتية هي أمراض تحدث نتيجة خلل أو مشكلة في الجهاز المناعي ، بحيث تؤثر على وظائفه سلبا ، و التي تكمن في الحفاظ على الجسم من دخول عدوى او جسم غريب ، مثل الفيروس أو البكتيريا أو الفطريات ، بالإضافة إلى مهمته في التغلب على أمراض الجهاز المناعي .
وعند حدوث مشكلة في الجهاز المناعي يفشل الجهاز المناعي على التمييز بين العدو الخارجي ، و أعضاء و خلايا الجسم ، ومن ابرز الامراض ما يلي :
- الإيدز
- الحساسية
- السل
- سرطان الغدة الدرقية
- العوز المناعي .