توجد فطريات الأمعاء في المعدة وتكون موجودة بشكل طبيعي
الا انها تنمو في الامعاء وتكبر وتتكاثر نتيجة لاسباب عديدة كالإصابة بالتهابات الجهاز الهضمي، مثل داء كرون، والتهاب القولون التقرحي. كما ان استخدام الأدوية المثبطة لمضخة البروتين المستخدمة في علاج حرقة المعدة، مثل دواء الأوميبرازول. واستخدام المضادات الحيوية الواسعة المدى المُسببة لقتل البكتيريا النافعة في الأمعاء الدقيقة،.وحدوث اضطرابات في عمل الجهاز المناعي والمؤدية إلى إضعافه، ومنها الإصابة بفيروس عوز المناعة البشري.