إذا تم تشخيص الطفل بالإصابة بداء البول القيقبي فإن طلب العلاج الطبي قد يجنب من التعرض لمشاكل صحية خطيرة بالإضافة إلى الإعاقة الذهنية وتتضمن طرق العلاج الأولى تقليل مستويات الأحماض الأمينية متفلاعة السلاسل في دم الطفل.
عادةً ما يتضمن ذلك الحقن عبر الوريد التي تحتوي على أحماض أمينية لا تحتوي على أحماض أمينية متفرعة السلاسل بالإضافة إلى الغلوكوز لزيادة السعرات الحرارية.
سيعمل العلاج على تعزيز استخدام الليوسين الموجود في الجسم والايزولوسين والالين في الجسم. في نفس الوقت سوف يقلل مستوى الأحماض الأمينية متفرعة السلاسل ويوفر البروتين اللازم.