رغم أنا المياه الجوفية لها اهمبة كبيرة ولكنها تتعرض للكثير من المشاكل مثل :
- الضخ المفرط والاستنزاف في العديد من الدول ، والذي يؤدي إلى تملح الماء الجوفي.
- تتعرض المياه الجوفية للتلوث بسبب صرف المياه العادمة المنزلية والصناعية وتسرب النفط إليها ، واستخدام الأسمدة والمبيدات .
اخذت المياه الجوفية بالتزايد بعد التطور الهائل في وسائل التنقيب عنها وطرق استخراجها ونقلها