هناك العديد من الاسباب التي ادت الي سقوط الدوله الفاطميه , و علي راس تلك الاسباب اللامركزيه في اتخاذ القرار و تفكك الولايات التابعه للدوله الفاطميه في عصرها المتاخر , و يمكن ارجاع اهم اسباب السقوط في النقاط التاليه :-
- انتشار الفساد في العصر المتاخر في الدوله الفاطميه و علي الاخص في اصحاب المناصب الرفيعه
- السخط الشعبي علي الدوله الفاطميه نتيجه للبزخ غير المبرر و الاسراف الذي كان يقوم به الولاه
- محاربة المذهب السني و العمل علي نشر المذهب الشيعي علي الرغم من ان اغلبيه البلاد الاسلاميه كانت و مازالت تتبع المذهب السني
- تعيين الوزراء كحكام فعليين للدوله الفاطميه و سيطرتهم علي زمام الامور في الدوله الفاطميه
- عدم القدره علي رد او محاربه الحملات الصليبيه في العديد من الاوقات مما ادي الي زعزعه القوة العسكريه للدوله الفاطميه