يوجد العديد من الأسباب التي تؤدي إلى الإصابة بالتهاب الاثني عشر، وتتذمن ما يأتي:
*الإصابة بجرثومة المعدة (H. pylori)
*تناول بعض الأدوية لفترات طويلة، مثل مُضادات الالتهاب اللاستيرويدية (بالإنجليزيّة: nonsteroidal anti-inflammatory drugs)
*الإصابة بداء الأمعاء الالتهابي (بالإنجليزيّة: Inflammatory bowel disease).
*الارتجاع المراري.
*استخدام أجهزة التنفس بشكل متكرر.
*التعرض لعملية جراحية حديثة سواء للمعدة أو الأمعاء.
*الإصابة بالسيلياك.
*تناول بعض السموم عن طريق الفم.
*إصابة أو التعرض لضرر في المعدة أو الأمعاء.
*التعرض لعلاجات السرطان، مثل العلاج الإشعاعي، أو الكيميائي.
*تدخين التبغ.