في القرن الخامس للميلاد, بعد انعقاد مجمع خلقيدونيا عام 541 ميلادي, حدث انشقاق كبير بين الكنيستين: الشرقية والغربية, فأصبحت كنائس الشرق - التي تعرف بالأرثوذكسية- تحت قيادة كنيسة الإسكندرية, وكنائش الغرب - الكنائس الكاثواليكية - تابعة لقيادة كنيسة روما.
سبق الانشقاق العظيم الذي حدث في القرن الحادي عشر للميلاد و تحديداً عام 1054م , العديد من الخلافات بين الكنائس و النزاعات اللاهوتية, أهمها كان الخلاف على مسألة انبثاق الروح القدس ومسائل تخص القربان المقدّس. أيضاً حصل خلاف حول أحقية بابا روما بامتلاك السلطة البابوية العالمية.
ثم حصل الانشقاق العظيم عام 1054م ليقسم الكنائس إلى الكنيسة الرومية الكاثوليكية والكنيسة الشرقية الأرثوذكسية.
وفي القرن السادس عشر للميلاد - عام 1529م - قام مارتن لوثر ب ثورة الإصلاح ضد الكنيسة الكاثوليكية اعتراضاً على بعض تعاليمه . وأطلق على أتباعه البروتستانت