شبه ديكارت الفلسفة هنا بالشجرة لأنها وحدة متكاملة تنبت جذورها من الميتافيزيقيا وهي بالنسبة لديكارت علم يمكن إثباته من خلال البراهين مثل الرياضيات، يتكون جذعها الفيزيقيا التي تهتم بالبحث عن المبادئ الصحيحة للماديات المرتبطة بطبيعة الأرض والأجسام، وطبيعة الإنسان، ينتج من هذه الجذور الميتافيزيقية الذي نما جذعها الفيزيقي جميع العلوم الأخرى مثل الطب والميكانيكا والأخلاق.
يجب أن ننتبه هنا أن الفلسفة هي العلم الشامل الذي يبدأ بدور الإنسان بالبحث عن الأدلة والبراهين، وينتهي بالأخلاق التي بدونها لن تكتمل الفلسفة أبداً.