تسبب الأميبا التهاب معوي حاد في حال الإصابة بها , حيث يعاني المريض من الام حادة في البطن مع استفراغ و اسهال عادةً ما يكون مختلط بالدم أو المخاط , بالإضافه لاحتمالية وجود ارتفاع في درجة الحرارة و تعب عام بالجسم بسبب الجفاف .
أهم خطوة في علاج الأميبا المعوية هو إعطاء المريض القدر الكافي من السوائل لتعويض ما فقده بالاسهال أو الاستفراغ , مع استخدام الادوية المسكنة للآلام و أدوية الاستفراغ .
يجب إعطاء المريض المضاض الحيوي المناسب لعلاج الأميبا المعويه و هو ميترونيدازول ( Metronidazole ) الذي يعمل على قتل البكتيريا و الطفيليات اللاهوائية و منها الأميبا .
التهاب الأميبا المزمن قد يسبب وجود أكياس في الكبد , لذلك يجب علاجه بالطريقة المناسبة , منعاً لحدوث المضاعفات .