كانت حياة اليهود في زمن المرابطين والموحدين مثلهم مثل باقي السكان فيها، فلم يتعرض اليهود لعملية استئصال عرقي في المناطق الإسلامية التي سكنوها من البلاد الأندلسية.
كذلك يعتبر التسامح الإسلامي هو السائد مع أهل الكتاب اليهود والمسيحيين وتركوا يقوموا بشعائرهم الدينية وممارسة طقوسهم دون مضايقات من المسلمين، ولعل أبرز المشاكل التي تعرض لها اليهود في تلك الفترات من تعرضوا له من عمليات اضطهاد من قبل المسيحية والصليبيين.