يختلف سبب حدوث الحصوات باختلاف نوعها فالحصوات من نوع الكالسيوم أوكزاليت مثلًا تحدث عند تناول كميات كبيرة من الأطعمة الغنية بالأوكزاليت ، أو تناول كميات كبيرة من الأطعمة التي تحتوي على فيتامين د ، أو وجود اضطرابات أيضية ، أو إجراء جراحة المجازة المعوية أما الحصوات من نوع اليوريك أسيد فتحدث نتيجة قلة شرب الماء ، الإصابة بالنقرس ، أو تناول أطعمة غنية بالبروتين بكمية كبيرة ، إضافة للعامل الجيني الذي يتدخل بذلك ، وحصوة السيستين تحدث نتيجة وجود اضطراب وراثي ما .