برغم ان مصدر مياه بحيرة قارون يأتى من نهر النيل الا انها تتميز بارتفاع ملوحتها لانها تقع فى منخفض يكون مستواه اقل من مستوى سطح البحر ، كما تتعرض بحيرة قارون الى تبخر عالى مما يعمل على زيادة نسبة الاملاح بها و تصريف مياه الصرف التى تحتوى على املاح زائدة بها زاد من نسبة ملوحتها
و تعتبر بحيرة قارون من اكبر البحيرات بمصر و اكبرها عمقا فقد يبلغ اكبر عمق بها 14 متر تقريبا و بها مصادر ثروة سمكية التى تتواجد فى المياه العذبة و المياه المالحة