سببين رئيسين وراء رفض الشيكات في نظام المقاصة، هما:
الأول هو عدم توفر رصيد كافي لتغطية الشيك.
والثاني متعلق بأسباب شكلية من ضمنها اختلاف عن التوقيع المعتمدة للبنك أو مثلاً الإختلاف عن تاريخ الاستحقاق ، أو عدم اكتمال الإسم بدرجة كافية للتعرف على المستفيد أو انتهاء صلاحية الشيك المقدم أو أي أخطاء شكلية تمنع اكتمال الشروط الصحيحة لصرف الشيك.