نشأت محاكم التفتيش في الأندلس بعد سقوط آخر ممالك الأندلس (غرناطة) بيد الملكين المسيحيين فيرناندو وايزابيلا, وكان الهدف منها هو التحقق من صحة دين المنتسبين الجدد للدين المسيحي من اليهو والمسلمين, الذين تم اجبارهم على اعتناقه, وكانت تتشتهر بسمعتها السيئة وطرق التعذيب الفظيعة التي تتبعها, مما يؤدي إلى موت الكثير من السجناء تحت التعذيب, وأغلب الأحكام التي كانت تصدر عنها كانت أحكاماً بالحرق.