العوامل الطبيعية التي تتسبب في صعوبات التعلم عند الأطفال تتمثل في الأمور التالية:
- عوامل جينية تتعلق بالطفل قبل الولادة بحيث لا يكتمل نمو الدماغ عند ولادته الأمى الذي يحدث خلل وظيفي يؤدي إلى صعوبات التعلم.
- عوامل وراثية تتعلق بالولد أو الوالدة بحيث يكون أخد الوالدين يعاني من خلل عقلي.
- عوامل مرضية عضوية تتمثل في خلل بعض أجهزة الجسم الحيوية وخلاياه.