الجامعات الحكومية التي تفتح برنامج الدراسات العليا كماجستير ودكتوراة لخريجي بكالوريوس الصيدلة في الأردن هي الجامعة الأردنية وجامعة العلوم والتكنولوجيا الأردنية، ويعتمد قبول الطلاب في الدراسات العليا في كليات الصيدلة على تقدير الطالب في البكالوريوس وعلى نجاحه في الإمتحانات المقدم للقبول في الإختصاص وعلى نتائج المقابلة التي يتم عقدها بين الطالب والدكتورة القائمين على رسائل ودراسة الدراسات العليا.