لا تتسبب تركيبة الأموكسيسيلين بأعراض جانبية لمن يستخدمها بالمعتاد ، و إن حدثت الأعراض فعادةً ما تتضمن الغثيان ، الإسهال ، و التقيؤ.
يمكن أن يتسبب الاستخدام المطول لتركيبة الأموكسيسيللين بالإصابة بالعدوى الفطرية في الفم أو الجهاز التناسلي .
كما يمكن أن يتسبب الأموكسيسيلين بمجموعة من الأعراض الخطيرة و لكنها نادرة الحدوث تتضمن ظهور الكدمات ، الغثيان و التقيؤ المستمر ، ارتفاع الحرارة المستمر ، ألم المعدة المستمر ، اصفرار الجلد الجلد أو الأعين.
يمكن أن يصاحب استخدام الأموكسيسيللين في حالات نادرة حالة تعرف بالإسهال المصاحب لبكتيريا المطثية العسيرة ( بالإنجليزية : Clostridium difficile-associated diarrhea ) خلال فترة العلاج أو بعدها ، يمنع استخدام مضادات الإسهال في هذه الحالة حيث أنها تزيد الوضع سوءًا.
يمكن أن يواجه بعض الأشخاص حساسية تجاه الدواء حيث أنه ينتمي لعائلة البينيسيللين ، يمنع الشخص في هذه الحالة من استخدام أي دواء ينتمي لعائلة البينسيلين أو السيفالوسبورين.