من أبرز استخدامات الآرتيميسينين لعلاج عدوى الملاريا المنقولة من الحشراات والمياه المصابة بهذا الطفيل، ويتم استخدامة حديثا في تجارب لعلاج والحد من انتشار الخلايا السرطانية.
كما أن الآرتيميثر وهو علاج مشتق من الآرتيمسينين يستعمل لعلاج ديدان البطن والأمعاء.
ويتسبب هذا العلاج ببعض الآثار الجانبية مثل الشعور بالدوار وعدم التوازن والغثيان مع التقيؤ، بالإضافة إلى الشعور بالصداع.
ويتم صرف الآرتيميسينين لمرضى الملاريا بالإضافة لمجموعة أخرى من الأدوية التي تعالج الملاريا وتخفف من اعراض تناول الآرتيميسينين.