من أهم المشكلات التي تتعامل معها إدارة حماية الأسرة هي مشكلات التعنيف ضد المرأة والطفل فهي تعمل في هذه المشكلات بكل قوة في الممكلة الأردنية الهاشمية وتتعامل الإدارة في هذه المشكلات بكامل السرية سواء كانت هذه المشكلات تتعلق بالشباب أو الفتيات أو المرأة أو الأسرة بأكملها بالإضافة إلى المشكلات التالية:
- الإعتداءات الجنسية.
- مشكلات الإهمال للأطفال والمرأة.
- مشكلات الإهمال للمعاقين.
- الإستغلال الجنسي.
وعملها في الأساس من أجل خلق أسرة آمنة.