يتم علاج خراج السن عادة بإعطاء المضاد الحيوي المناسب ( الذي عادة ما يحوي تركيبة من ظوائين للقضاء على الجراثيم الهوائية واللاهوائية والانزيمات الدوائية التي تسهم في تصريف مكونان الخراج... ثم تتم مراجعة طبيب الاسنان لتحديد حالة السن وفتح الخراج اذا كان هناك حاجة لذلك والاستمرار على المضاد الحيوي وعمل اي اجراءات اخرى تتعلق العصب او غير ذلك مما يمكن ان يكون ضروريا.