إن كان المقصود ما هو الدواء المطلوب فهو المضاد الحيوي حسب النوع و حسب العمر ، لكن إن كان العلاج بشكل عام ، فإن العلاج المتبع في خراج الأسنان ، أولاً لابد من فتح الخراج و تنفيسه و هذا يتم عن طريق الطبيب غالباً ، عن طريق فتح السن الذي يحوي الخراج ، و الوصول إلى حجرة العصب و من ثم القنوات اللبية و من ثم يتم التنفيس عن الخراج ، بعد ذلك ، يتم تعقيم الضرس من الداخل و عمل حشوة للقنوات اللبية و منطقة العصب داخل السن أو منطقة لب السن ، لعدم تجمع سوائل أو تراكم سوائل و غزوها لاحقاً بجراثيم و عودة الخراج مرة أخرى ، و قد يترافق ذلك مع وصف مضادات حيوية ، و إن كان هنالك ألم خلال العلاج يتم وصف مسكنات للألم.فبشكل عام هذا هو الإطار العام لعلاج الخراجات.