في معظم حالات حصى الكلى، قد يطلب الطبيب المعالج أن تتم معالجة المريض في بيئته المنزلية. فهو يستطيع تناول مسكنات الأوجاع، إضافة إلى الحرص على شرب كميات كافية من الماء والسوائل الأخرى، وذلك لمنع إصابته بالجفاف. وقد يصف له الطبيب المعالج أدويه من شأنها أن تساعد في خروج الحصاة من الجسم.
عندما تكون الحصى كبيرة جدا، نسبيا، بحيث لا يمكن أن تخرج من تلقاء نفسها، أو في حالة كون الحصى عالقة في داخل المسالك البولية، فمن الممكن أن يحتاج إلى علاج إضافي. شخص واحد، أو اثنان، فقط من بين كل 10 حالات إصابة بحصى الكلى، لا يمكن معالجتهم بالوسائل المنزلية البسيطة.
يعتمد علاج حصى الكلى الطبي الأكثر شيوعا على الموجات الصوتية، وتسمى هذه الطريقة العلاجية "تفتيت الحصاة بالموجات الصادمة من خارج الجسم". يقوم هذا العلاج بتفتيت الحصى في الكليتين محولا إياها إلى فتات صغيرة جدا، بواسطة الموجات فوق الصوتية أو الموجات الصادمة. تكون هذه الفتات صغيرة جدا إلى درجة أنها تستطيع العبور في الجهاز البولي لتخرج من الجسم، من ثم، بواسطة سائل البول.
في حالات أخرى، قد يحتاج طبيب الجهاز البولي لى إخراج الحصى في إطار عملية جراحية، أو بواسطة إدخال دعامة إلى داخل المثانة بغية إبقاء ممر مفتوح يسمح بعبور الحصى من خلال المثانة.