قامت العديد من الدول العربية بمقاطعة دولة قطر وإغلاق المجال الجوي أمام طائراتها منذ عام 2017 وهي البحرين والسعودية ومصر والامارات وذلك بحجة دعمها للارهاب وتحالفها مع ايران وتركيا.. وهذا بدوره أدى إلى إغلاق اسواق كبيرة ومربحة أمام الخطوط القطرية، بالاضافة الى ارتفاع التكاليف متمثلة بالدرجة الأولى بتكاليف الوقود. كما أن التقلبات في التي حدثت في العملات الاجنية كان لها دور في هذه الخسارة.
بالرغم من كل ما سبق من التحديات التي واجهت الخطوط القطرية، إلا إنها منذ بدء هذه المقاطعة الاقتصادية والسياسية على قطر قد تمكنت الشركة من إضافة وجهات جديدة تبلغ حوالي 31 وجهة ، وأيضاً تمكنت من زيادة عدد طائراتها بإضافة 25 طائرة.