اختيار المضاد الحيوي سواء كان محددًا أي مخصصًا لنوع معين من البكتيريا أم كان واسع الطيف أ يأنه من الممكن أن يؤثر على أنواع كثيرة من البكتيريا ، يعتمد بدرجة كبيرة على نوع العدوى و البكتيريا المسببة لها ، ظلكن قد يتم أحيانًا اختيار مضادات حيوية واسعة الطيف دون أن يكون هناك حاجة لها أو مع وجود بديل من المضادات الحيوية المحددة ، وهذا التصرف يزيد من احمالية حدوث المقاومة البكتيرية وحدوث خلل في التوازن البكتيري للبكتيريا النافعة التي تتواجد بصورة طبيعي في الجسم