يقصد بالتهاب المسالك البولية العلوي التهاب الحويضة و الكلية ( بالإنجليزية : pyelonephritis ) ويتمثل بالعدوى البكتيرية للكلى ، تدخل البكتيريا المسببة للعدوى مثل الإشريكية القولونية من خلال مجرى البول وتبدأ بالتكاثر و الانتشار عبر المثانة ثم الحالب وصولًا إلى الكلى تتضمن أعراض الإصابة بهذا النوع من التهاب المسالك البولية ما يأتي :
*الغثيان و التقيؤ .
*الحمى .
*ألم في الخاصرة .
*القشعريرة .
*ألم الحوض عند النساء .
*ظهور رائحة قوية للبول .
*الحاجة الدائمة الملحّة للتبول .
*التبول بكميات صغيرة و بشكل متكرر .
*الشعور الحارق عند التبول .
*اغمقاق لون البول و ميلانه للون الأحمر كلالة على وجود الدم .
*ضبابية البول .