يستخدم لعلاج وتخفيف الألم في حال التهاب المثانة الخلالي مجموعة من العلاجات مثل المسكنات من عائلة مضادات الالتهاب الغير ستيرودية مثل الديكلوفيناك صوديوم، ويستخدم مضاد حيوي في حال الإصابة بالإلتهاب البكتيري وغالبا بستخدم السيبروفلوكساسين، ويستخدم مضاد للحكة والهستامين لتخفيف ٱثار الحالة من تهيج في المنطقة الحساسة، كما يمكن استخدام العلاجات التي تخفف من تكرار التبول المزعج مثل الأميتريبتيلين.