تمكن الحكمة في الختان عدة فوائد وحكم دينية عظيمة وصحية للانسان.
1-أنه رأس الفطرة, وشعار الإسلام, وعنوان الشريعة.
2-أنه من تمام الحنفية التي شرعها الله على لسان إبراهيم عليه السلام, فهي التي صبغت القلوب على التوحيد والإيمان وهي التي صبغت الأبدان بخصال الفطرة من الختان وقص الشارب وتقليم الأظافر ونتف الإبط.. قال تعالى: {ثُمَّ أَوْحَيْنَا إِلَيْكَ أَنِ اتَّبِعْ مِلَّةَ إِبْرَاهِيمَ حَنِيفاً** [النحل: 123], {صِبْغَةَ اللَّهِ وَمَنْ أَحْسَنُ مِنَ اللَّهِ صِبْغَةً وَنَحْنُ لَهُ عَابِدُونَ*
3-أنه يميز المسلم من غيره من أتباع الديانات والملل الأخرى.
4- أنه إقرار بالعبودية لله, والامتثال لأوامره والخضوع لحكمه وسلطانه.