يسبب علاج سيميزيا آثار جانبية عديدة ناتجة عن ضعف المناعة الذي يسببه هذا الدواء ومن أبرز هذه الآثار هو الالتهابات المختلفة في الجهاز التنفسي مما يسبب حالات من الرشح والإنفلونزا، والجهاز الهضمي مما يسبب اضطرابات هضمية وحالات من الإسهال والغثيان وألم البطن، كما يسبب التهابات في المسالك البولية مما يؤدي إلى حرقة في البول ورائحة كريهة للبول وحكة، كما يسبب حكة جلدية وطفح جلدي.