سبب الحمل بكيس فارغ هو خلل في الكرموسومات نتيجة حدوث انقسام غير طبيعي بالخلايا
او قلة جودة الحيوانات المنوية
او قلة جودة البويضة المخصبة
و عند الوصول في الحمل الى الشهر الثالث او الاسبوع التاسع يتم اكتشاف عدم وجود حمل و ذلك لانه يجب سماع صوت نبضات الجنين في هذا الوقت من الحمل