بعض مشاكل المتصفحات عموما والفايرفوكس خصوصا يكون سببها نظام التشغيل نفسه، الويندوز قد يفقد في كثير من الأحيان بعض ملفات النظام الخاصة لسبب أو لآخر وهذا يؤدي بالتالي إلى خلل في عمل بعض البرامج ومنها الفايرفوكس
ومن المشاكل المعروفة أيضا عدم توافق بعض الإضافات التي تعمل مع الفايرفوكس (مثل الفلاش بلاير) بسبب خلل فيها أو بسبب حاجتها للتحديث، لذلك ينصح بتحديثها أو حذفها وإعادة تثبيتها.
كما يجب التأكد دوما من ضبط التاريخ والوقت بشكل صحيح لأن أي خلل فيهما يؤدي إلى خلل في المتصفح
في النهاية يمكن إعادة ضبط إعدادات فايرفوكس إلى الإعدادات الافتراضية لحل الكثير من مشاكل البرنامج