بواسطة الخياشيم وهي عبارة عن اقواس خيشومية تحتوي على شعيرات دموية, حيث تقوم السمكة بادخال الماء من فمها ليمر على الخياشيم فتقوم الشعيرات الدموية بعملية التبادل الغازي حيث تأخذ اكسجين الماء وتطلق ثاني اكسيد الكربون ثم يخرج الماء من خلال فتحة اخرى للخياشيم, يجدر الذكر ان بعض الأسماك تتنفس من خلال جلدها, وبعضها الآخر له رئتان مثل السمكة الرئوية التي تستطيع تنفس الهواء في وقت الجفاف.