يختلف الراتب باختلاف رتبة الضابط، حيث أن الضابط البحري الثالث والذي يكون خريج جديد من الأكاديمية البحرية ثم يرفع إلى ضابط ثاني وبعدها كبير الضباط البحريين وأخرياً القبطان كأعلى رتبة ضابط بحري ، وكون سلاح البحرية تابعاً للجيش المصري فإنه يخضع لسلم رواتب الضباط في الجيش والذي يكون في المعدل 7565 جنيه مصري بحسب مقال في صحيفة النهار المصرية ، وأيضاً موقع بيت يوضح أن معدل مرتباتهم هو 4,217 جنية مصري.