الأعضاء التي تدخل في هضم وتوازن الاحماض الامينية بشكل رئيسي هي :
المعدة، البنكرياس، المرارة والأمعاء.
الأحماض الأمينية هي التركيبة الرئيسية للمواد البروتينية، تبدأ عملية هضم البروتين اولا في المعدة تحت تأثير انزيمات المعدة (اهمها انزيم الببسين) وحمض الهيدروكلوريك الذي يفرز من جدار المعدة والذي يعمل على تليين المواد البروتينية قبل دخولها للأمعاء.
ومن ثم عملية امتصاص الأحماض الأمينة تكون في الجزء العلوي من الأمعاء وللأملاح دور كبير في امتصاصها.
في الجزء الثاني من الاثنى عشر يقوم البنكرياس بإفراز عصارته والمرارة ايضا داخل الاثنى العشر ليساعد على هضم البروتين.