أبرز المشكلات التي ترتبط بتحديد المخزون:
- غياب الأيدي ذات الكفاءة والمؤهلة لإدارة هذا المخزون.
- عدم وجود خطة عمل واضحة وتكون معيبة وغير واقعية فيما يتعلق بجانب العمل في المنشأة مستقبلاً وعدم وجود البيانات الكافية والعجز في تحليلها يؤثر ذلك في صعوبة تقييم المخزون فقد يؤدي إلى تكديسه.
- تأثر المخزون بالظورف الاقتصادية والواقعية للسوق ما يؤدي إلأى حدوث بعض التقلبات في آليات الانتاج والتخزين.
- وجود قدر كبير من المخزون التالف في الشركة وقد يصل إلى درجات لا يمكن تصريفه وبيعه.
- القيام بإنتاج سلع وبضاعة بشكل مفرط الأمر الذي يؤدي إلى صعوبة تصريفه وبيعه.
المخزون في الشركة في حالة تذبذب مستمر أحياناً ترتفع نسبة الصرف والبيع فيه وأحياناً يبقى مكدساً وقد يصل لحد التلف وهذا بدوره يعتمد بشكل أساسي على واقع السوق وإقبال المستهلكين.