يكمن الهدف الأساسي من تهجين النبات في الحصول على نبات يملك صفات جديدة متنوعة ومرغوبة من حيث الشكل، واللون، والحجم، وتقليل مدة الإزهار ووقت نضوج الثمرة، بالإضافة إلى زيادة القدرة على مقاومة الأمراض والآفات الحشرية، وزيادة قدرته على التكيف مع الأوساط والظروف البيئية المختلفة. لكن لهذه العملية أضرار، فما هي الأضرار التي قد تترتب على ذلك؟
الأضرار التي قد تترتب على تهجين النبات هي:
1- صعوبة حفظ البذور من النبات المهجَّن.
يُعد من أكبر عيوب التهجين والأضرار التي من الممكن نشوئها بسبب التهجين، لأنه ورغم إنبات البذور المهجَّنة وتحولَّها إلى نباتات شبيهة بالنبات الأصل لكن ذلك لا يمنع من إنتاج نباتات تُنتج ثمار خالية من البذور، وهذا يعني عدم الحصول على بذور الثمرة من أجل حفظها وزراعتها.
2- فقدان النبات للتنوع الجيني.
فقدان النبات للتنوع الجيني وخاصة في أنواع النباتات المهدَّدة بالانقراض يعمل على انتشار أنواع هجينة عدائية تقلل من أنواع النباتات المحلية وتُستبدل بها.
3- فقر في السمات والفائدة الغذائية المحصولة من النبات المهجَّن.
فعندما يتم الحصول على بذرة مهجَّنة ولها صفات مرغوبة فهذا يعني أنّها حصلت على صفات جدية بناء على صفات أخرى أصيلة فيها، مثلا: الحصول على نبتة تُنتج ثمار كبيرة الحجم لكن طعم الثّمار فيها إما أنّه معدوم أو ذو مذاق سيء، وذلك لأن كُبر الثمرة التي أنتجها النبات الهجين أدّى إلى زيادة كمية الماء في الثمرة، وبالتالي تخفيف طعم الثمرة الأصلي أو إعدامه، وأيضاً عندما يتم تهجين النبتة لغاية إنتاج ثمار كبيرة دون الاهتمام بالفائدة الغذائية الموجودة في النبتة الأم، فإن ذلك يعني الحصول على نبات مهجَّن يُنمي ثمار كبيرة الحجم قليلة الفائدة الغذائية.
4- إحداث عُقم للأزهار والموت المُبكِّر لها.
عندما يحدث التهجين وخاصة بالطريقة الاعتيادية فإن بعض النباتات ترفض أزهارها حبوب اللقاح الغريبة، والبعض الآخر تتقبل أزهارها اللقاح الجديدة لكنّها تُنتج نباتات هجينة ذات أزهار عقيمة لا تستطيع إنتاج بذور لإنتاج الثمار، أو قد تموت أزهارها في وقت مبكِّر.
5- كسر الهجين
ويُعنى بذلك أنه عندما يكون النبات الأصل خصباً فإن تلك الخاصيّة ستنتقل إلى النبّات المهجّن لكنه قد لا يستطيع هذا الجيل من نقلها للسلالات الأخرى المهجَّنة، وإنّما الحصول على صفات أخرى جديدة.