يوجد في المسجد الأقصى حوالي ثلاثة عشرة قبّة وهي:
- القباب الواقعة في صحن قبة الصخرة المشرفة:
- قبة السلسلة: تقع شرق قبة الصخرة المشرفة.
- قبة المعراج: تقع غرب قبة الصخرة المشرفة.
- قبة النبي: تقع بين قبّتي الإسراء والمعراج.
- القبة النحوية: تقع في الزاوية الجنوبية لصحن قبة الصخرة المشرفة.
- قبة يوسف: تقع هذه القبة بين القبة النحوية ومنبر مرهان الدين في الجهة الجنوبية لصحن قبة الصخرة.
- قبة الشيخ الخليلي: تقع في الزاوية الشمالية لصحن قبة الصخرة المشرفة.
- القباب الواقعة في ساحة المسجد الأقصى:
- قبة سليمان: تقع شمال الحرم القدسي.
- قبة العشاق: أيضاً في الشمال من المسجد الأقصى.
- قبة موسى: تقع في الجهة الغربية من المسجد الأقصى.
- قبة يوسف آغا: جنوب غرب ساحة المسجد الأقصى.
- منبر مرهان الدين: في الجهة الجنوبية لصحن قبة الصخرة المشرفة.
- قبة الأرواح.
- قبة مهد عيسى.