ينتج مرض جدري الأبقار من الإصابة بفيروس يحمل نفس الإسم (بالإنجليزية: Cowpox virus). وينتمي هذا الفيروس لعائلة الفيروسات الجدرية، التي تضم أيضاً فيروس الجدري المعروف. وتحصل الإصابة بجدري الأبقار إثر التعامل المباشر مع الحيوانات المصابة، وغالباً ما تكون القطط، أو الأبقار أو القوارض. فيدخل الفيروس إلى جسم الإنسان عبر الجروح أو الشقوق في الجلد، لذلك تزداد فرصة الإصابة في حال معاناة المصاب من أمراض جلدية. ويبقى الفيروس في مكان الإصابة الأولي لفترة طويلة، وقد ينتشر في الجسم عبر السائل الليمفاوي في بعض الحالات. والجدير بالذكر أنه لا يمكن أن ينتقل جدري الأبقار من إنسان لإنسان آخر.